Родился 1 февраля 1867 года в селе Старое Сеславино Козловского уезда Тамбовской губернии в семье священника. После окончания Тамбовской Духовной семинарии (со знанием студента, по первому разряду) 20 сентября 1888 г. Василий Дмитриевич Богоявленский был рукоположен во диакона к церкви Рождества Христова в селе Старая Дегтянка Козловского уезда (ныне Сосновского р-на). 11 марта 1890 г. рукоположен во священника к церкви Покрова Пресвятой Богородицы в селе Овсянка Кирсановского уезда Тамбовской губернии, и в этой должности состоял до 1896 года, при этом был законоучителем в нескольких церковно-приходских школах.
Неизлечимая болезнь жены заставила о. Василия подумать о других условиях службы Cвятой Церкви, и побудила его расстаться с родной Тамбовской епархией и переселиться в 1896 году в Казань, для продолжения образования в Казанской Духовной Академии, которую о. Василий окончил в 1900 г. со степенью кандидата богословия. Будучи студентом академии, о. Василий состоял законоучителем в Казанской общине сестер милосердия Красного креста, вел религиозные собеседования с нижними чинами учебных команд при пяти батальонах, расположенных при Казанском вещевом интендантском складе. По окончании академии отец Василий служил в кафедральном соборе г. Казани, затем в церкви казанского Троице-Феодоровского женского монастыря, с 1901 г. — в кладбищенской церкви.
В 1905 году о. Василий вернулся в кафедральный собор на должность ключаря, одновременно являлся законоучителем Спасо-Феодоровской школы, затем начальных городского и министерского училищ, а также Речного училища первого разряда, в течение нескольких лет был членом комитета по проверке отчетов Казанской Духовной Академии и Казанского епархиального женского училища, членом-учредителем братства во имя Пресвятой Богородицы при кафедральном соборе, членом церковного историко-археологическогно общества. В 1907 году о. Василий был назначен членом Казанской консистории. В это время он написал сочинение «Вторая книга Маккавейская: Опыт исагогического исследования» (Казань, 1907 г.), за которое советом Казанской Духовной Академии 4 июня 1907 года был удостоен степени магистра богословия.
Овдовев, священник Василий 14 августа 1908 г. в Александро — Невской лавре принял монашеский постриг от Гдовского епископа священномученика Кирилла (Смирнова), с оставлением прежнего имени. 15 октября иеромонах Василий был назначен ректором Черниговской Духовной семинарии с возведением с сан архимандрита.
26 июля 1909 г. в Александро-Невской лавре состоялась хиротония архимандрита Василия в епископа Сумского, викария Харьковской епархии, которую возглавил Санкт-Петербургский митрополит Антоний (Вадковский). За два года пребывания на кафедре епископ Василий благоустроил Куряжский Преображенский монастырь, служивший местопребыванием Сумского епископа, устроил при нем два странноприимных дома. В марте 1911 года стал епископом Новгород-Северским, викарием Черниговской епархии, а 12 мая того же года был назначен епископом Черниговским и Нежинским. За первые два года пребывания на кафедре архиерей объехал епархию, проповедовал во всех храмах, где совершал богослужения. 26 июня 1911 года в Чернигове были заложены храм во имя святого князя Александра Невского и епархиальный дом имени императора Николай II, освящение которых состоялось 14 ноября 1912 года.
По благословению епископа Василия 11 апреля 1912 года в Никольском хуторе Новгород-Северского уезда было открыто второе епархиальное женское училище (одно уже действовало в Чернигове), с сельскохозяйственным отделением. Училище вскоре было названо Васильевским — во имя святителя Василия Великого, в нем на средства епархиального духовенства была учреждена стипендия, предназначавшаяся для одной из беднейших воспитанниц. При Троицком монастыре епископ Василий устроил духовную музыкально-певческую школу.
В 1914 году Черниговское епархиальное управление на собранные пожертвования приобрело дворец гражданина Завадовского в с. Ляличи Суражского уезда для размещения в нем просветительских и благотворительного учреждений. Один из первых взносов на покупку дворца (1 тыс. рублей) внес Черниговский архиерей. 6 мая 1915 года в Ляличском дворце состоялось открытие лазарета на 100 мест, его содержание осуществлялось за счет средств духовенства Черниговской епархии. 6 августа 1915 года по благословению епископа Василия была открыта благотворительная столовая на 300 человек. 30 декабря 1916 года состоялось освящение храма при Ляличском дворце, были открыты второклассная учительская женская школа и при ней начальная школа-приют для девочек, чьи отцы погибли на фронте.
Епископ Василий активно руководил деятельностью братства святого князя Михаила Черниговского, созданного в 1888 году. Основными задачами братства были духовное просвещение, миссионерство и благотворительность, а также сельскохозяйственная взаимопомощь, поскольку в братстве в основном состояли крестьяне. К 1916 году в Черниговской губернии действовали 15 отделений братства, 1059 сельских братств, в которых состояло до 20 тысяч человек. В целях укрепления миссионерской деятельности по предложению Василия произошло объединение всех епархиальных миссионерств в общество при братстве святого князя Михаила, ставившее своей задачей борьбу с расколом и сектантством. 1 мая 1912 года было учреждено братство святого Филарета Милостивого при женском епархиальном училище.
Епископ Василий придавал большое значение издательской деятельности. Летом 1911 года в связи с намеченным на сентябрь посещением Чернигова императором Николаем II под руководством епископа Василия была создана книга «Картины церковной жизни Черниговской епархии из IX вековой ее истории» (К., 1911). В 1912 году в епархии начал выходить научно-богословский журнал «Вера и жизнь». С 1914 года братство святого князя Михаила Черниговского издавало газету «Черниговский церковно общественный вестник» (сначала три раза в неделю, затем ежедневно).
В 1913-1914 годах епископ Василий присутствовал на заседаниях Синода. В июле 1916 года назначен исполняющим обязанности председателя Издательского совета при Синоде. 65 октября того же года возведен в сан архиепископа.
После Февральской революции 1917 года по распоряжению Черниговского губернского исполкома архиепископа Василия дважды арестовывали, 29 марта 1917 года он был отправлен в Петроград, обвинен в узурпации власти и стремлении к наживе, но был освобожден за недоказанностью обвинений. 14 апреля того же года по указу Временного Правительства архиепископ Василий был освобожден от присутствия в Синоде, 6 мая уволен на покой и назначен настоятелем Теребенской, во имя святителя Николая Чудотворца, пустыни, 11 августа переведен настоятелем в Заиконоспасский Московский монастырь в честь Нерукотворного образа Спасителя.
20 июля 1918 года Советом Поместного Собора Православной Российской Церкви 1917 — 1918 годов архиепископ Василий был включен в состав Собора. 24 июня назначен благочинным ставропигиальных монастырей. 14 — 17 августа Патриарх Тихон и Синод постановили послать архиепископа Василия, архиепископа Матфея (Померанцева) и миссионера Алексея Зверева в Пермь для выяснения обстоятельств ареста Пермского архиепископа священномученика Андроника (Никольского). На обратном пути в вагон, где ехала делегация Собора во главе с архиепископом Василием, ворвались красноармейцы, вывели членов делегации из поезда и расстреляли. Это произошло 27 августа 1918 года. Архиепископ Василий был прославлен Архиерейским юбилейным Собором Русской Православной Церкви 2000 г.
Святая церковь отмечает память архиепископа Василия 14 августа в день памяти новомучеников и исповедников российских. (Православная энциклопедия. М., 2005. том 7, стр. 37-38).